Это вам нужно в свою ГНИ идти, в отдел автоматизации (компьютеризации) пусть проверят правильность регистрации ваших подписей. У вас не может быть две печати и директор! Должна быть 1 печать, 1 директор и возможно бухгалтер (если он есть).
А если у вас еще и филиалы в других ГНИ имеются - проверить подписи нужно и там тоже.